Baza podataka transporterske klasifikacije

Baza podataka transporterske klasifikacije (engl. Transporter Classification database, TCDB) je klasifikacioni sistem koji je odobrila Međunarodna unija za biohemiju i molekularnu biologiju (IUBMB) za membranske transportne proteine uključujući jonske kanale.^[1] Ovaj klasifikacioni sistem je dizajniran da bude analogan sa sistemom EC brojeva za klasifikaciju enzima, mada on takođe koristi filogenetičke informacije.

Reference

^ Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C (2009). „The Transporter Classification Database: recent advances”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D274—8. PMC 2686586 . PMID 19022853. doi:10.1093/nar/gkn862.

Literatura

Saier MH, Tran CV, Barabote RD (2006). „TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information”. Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D181—6. PMC 1334385 . PMID 16381841. doi:10.1093/nar/gkj001.
Busch W, Saier MH (2002). „The transporter classification (TC) system, 2002”. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287—337. PMID 12449427. doi:10.1080/10409230290771528.

Spoljašnje veze

Transporter Classification Database
List at qmul.ac.uk

Membranski transportni proteini: Jonski kanali (TC 1A)

Ca²⁺: Kalcijumski kanali

Naponom-kontrolisani	L-tip/Ca_vα (1.1, 1.2, 1.3, 1.4) · N-tip/Ca_vα2.2 · P-tip/Ca_vα(2.1) · Q-tip/Ca_vα2.1 · R-tip/Ca_vα2.3 · T-tip/Ca_vα(3.1, 3.2, 3.3) α₂δ-podjedinica (1, 2) · β-podjedinica (β1, β2, β3, β4) · γ-podjedinica (γ1, γ2, γ3, γ4) Katjonski kanali sperme (1, 2, 3, 4) · Dvoporni kanal (1, 2)
Ligandom kontrolisani	Inozitol trisfosfatni receptor (1, 2, 3) · Rianodinski receptor (1, 2, 3)

Na⁺: Natrijumovi kanali

Naponom-kontrolisani	Na_vα (1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 7A) · Na_vβ (1, 2, 3, 4)
Konstitutivno aktivni	Epitelni natrijumski kanal (α, β, γ, δ)

K⁺: Kalijumovi kanali

Naponom-kontrolisani	K_vα1-6 (1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8) · (2.1, 2.2) · (3.1, 3.2, 3.3, 3.4) · (4.1, 4.2, 4.3) · (5.1) · (6.1, 6.2, 6.3, 6.4) K_vα7-12 (7.1, 7.2, 7.3, 7.4, 7.5) · (8.1, 8.2) · (9.1, 9.2, 9.3) · (10.1, 10.2) · (11.1/hERG, 11.2, 11.3) · (12.1, 12.2, 12.3) K_vβ (1, 2, 3) · KCNIP (1, 2, 3, 4) · minK/ISK · minK/ISK-sličan · MiRP (1, 2, 3) · Shaker gen
Kalcijumom-aktivirani	BK kanal (α1, β1, β2, β3, β4) · SK kanal (SK1, SK2, SK3, SK4) · K_Ca (1.1, 2.1, 2.2, 2.3, 3.1, 4.1, 4.2, 5.1)
Unutrašnji-ispravljači	K_ATP · K_ir (1.1, 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.6) · GIRK/K_ir (3.1, 3.2, 3.3, 3.4) · K_ir (4.1, 4.2, 5.1, 6.1, 6.2, 7.1)
Domen tandema pora	K2P (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18)

Drugi

M⁺: TRP katjonski kanal	TRPA (1) · TRPC (1, 2, 3, 4, 4AP, 5, 6, 7) · TRPM (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) · TRPML (1, 2, 3) · TRPP (1, 2) · TRPV (1, 2, 3, 4, 5, 6)
Cl^-: Hloridni kanal	ANO1 · Bestrofin (1, 2) · CFTR · CLCA (1, 2, 3, 4) · CLCN (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, KA, KB) · CLIC (1, 2, 3, 4, 5, 6, L1) · CLNS (1A, 1B)
Cikličnim nukleotidom-kontrolisani (FC)	α (1, 2, 3, 4) · β (1, 2, 3) · HCN (1, 2, 3, 4)
Porin	Akvaporin (1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 9) · Anjonski kanali zavisni od napona (1, 2, 3) · Generalna bakterijska porinska familija
Propusna veza	Koneksin: A (GJA1, GJA3, GJA4, GJA5, GJA8, GJA9, GJA10) · B (GJB1, GJB2, GJB3, GJB4, GJB5, GJB6, GJB7) · C (GJC1, GJC2, GJC3) · D (GJD2, GJD3, GJD4) · E (GJE1) Ineksin
Generalno	Ligandom-kontrolisani jonski kanal · Naponom-kontrolisani jonski kanal · Rastezanjem-aktivirani jonski kanal