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Il est ensuite vice-recteur puis recteur du grand séminaire du patriarcat et professeur à la faculté de théologie de l'université catholique portugaise.
Il devient ensuite membre du chapitre cathédral, du conseil presbytéral et du conseil pastoral du patriarcat.
Évêque
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Le , François le transfère au siège patriarcal de Lisbonne. Il lui remet le pallium le suivant à Saint-Pierre de Rome en la solennité des apôtres Pierre et Paul. Le nouveau patriarche prend canoniquement possession de sa charge le suivant.
En , François nomme le patriarche de Lisbonne son envoyé spécial pour le premier Congrès eucharistique national de l’Angola, se déroulant du au [1].
Le , quelques jours seulement après la fin des JMJ 2023 à Lisbonne, le pape François accepte sa démission pour raison d'âge[2].
Cardinal
Il est créé cardinal le par le pape en même temps que dix-neuf autres prélats[3],[4]. Il reçoit alors le titre de Sant'Antonio in Campo Marzio.